Holt等利用蛋白質芯片技術篩選能夠相互結合的特異抗體—抗原成分，他們利用12種表達較強但尚未接觸任何抗原的抗體片段篩選含有27 648種人胎腦蛋白的蛋白質芯片，從中找出了4組高度特異性的抗原—抗體復合物，其中有3種抗體結合的蛋白質功能不明，說明這種抗原—抗體的結合技術是一種具有較高特異性和敏感性的篩選方法，可以用于高通量篩選分離各種不同的抗體成分，或檢測基因的表達和蛋白質分子間的相互作用，這將有助于對某些疾病（包括腫瘤）的發(fā)病分子機制的研究，以及協(xié)助尋找疾病診斷和治療的靶分子。

    Walter等將4 800種從人胎腦cDNA表達庫hExl的液體表達培養(yǎng)中得來的樣本排列在丙烯酰胺（polyacrylamide）包被的顯微玻片上蛋白質陣歹U，用于進行同步篩查。Ge等采用低密度UPA系統(tǒng)研究分子間相互作用，其中分別采用蛋白質、DNA、RNA以及小分子化學配體作為探針。蛋白質陣列也將成為重組抗體文庫篩選的工具，英國劍橋醫(yī)學研究委員會已經應用hExl蛋白濾膜（hExl protein filters）開發(fā)一種新的篩查系統(tǒng)，可用于分離針對于人類蛋白質中多不同靶標的特異性抗體。

    抗體芯片是蛋白質芯片中發(fā)展zui快的芯片，而且在技術上已經日益成熟。美國BDClontech公司推出*張用于研究的抗體芯片，芯片上排列了378種已知蛋白質的單克隆抗體（Abmicroarray 380）。

    抗體是經過精心挑選的，這些抗體不僅可以識別人源的蛋白質，對小鼠和大鼠樣品同樣有效。另外，每個抗體的結合親和力都經過了實驗測定，從多種抗體來源的克隆中篩選出反應特異性好、交叉反應程度小、信號明顯的抗體，并且還要保證信號與抗原濃度有著良好的線性關系。優(yōu)化的抗體探針保證了反應的特異性和靈敏度（可檢測20pg／ml的抗原濃度）。

    芯片的檢測是用熒光報告分子，常用的熒光掃描儀都能夠完成。這些單克隆抗體對應的蛋白都是細胞結構和功能上十分重要的蛋白質，涉及信號傳導、腫瘤、細胞周期調控、細胞結構、細胞凋亡和神經生物學等廣泛領域。通過這張芯片，在一次實驗中就能夠比較幾百種蛋白的表達變化。

    基因芯片、組織芯片和蛋白質芯片幾種技術可以進行有機地結合，相互驗證，先從轉錄水平進行初步的篩選差異表達基因，然后從蛋白水平進行驗證，對于個別重要的候選蛋白質，再從組織芯片的角度擴大樣本數(shù)加以確定。