一、定義不同：

PCR是體外酶促合成特異DNA片段的一種方法，由高溫變性、低溫退火（復性）及適溫延伸等反應組成一個周期，循環(huán)進行，使目的DNA得以迅速擴增,具有特異性強、靈敏度高、操作簡便、省時等特點。

測序引物分自帶引物和通用引物，自帶引物為客戶自行設計的PCR擴增引物或者載體及目的片段上設計的引物進行測序。

二、作用不同：

通用引物一般在購買載體時公司提供，一般測序引物如T7、SP6、M13等測序公司免費使用。

不僅可用于基因分離、克隆和核酸序列分析等基礎研究,還可用于疾病的診斷或任何有DNA，RNA的地方。PCR又稱無細胞分子克隆或特異性DNA序列體外引物定向酶促擴增技術(shù)。

三、適用不同：

PCR引物又稱為寡核苷酸引物，也就是RNA，是由人工合成的，分為兩種，引物1和引物2。由于DNA聚合酶只能從核苷酸鏈的5'端到3'端進行復制，也就是只能識別3'的尾端。

測序必須為特異性引物，不能為隨機、兼并、不純、帶熒光標記、長度過長引物.測序引物長度一般要求在18-25BP，最長不超過30BP..PCR引物要求相對低一些.簡單說來就是PCR引物可以用來擴增但是不一定適合測序。